De WeLLevator™, de tool voor gemakkelijk pipetteren in een 96 wells plaat

Veel testen op het lab worden tegenwoordig gedaan in 96-wells platen, waarbij veel gebruik gemaakt wordt van een zogenaamde multichannel pipet. Met deze pipet kunnen 8- of 12-welletjes gevuld worden. Gebruik van deze pipet is vaak lastig omdat er meerdere wells tegelijkertijd gepipetteerd worden.

Wellevator

Vaak is het een uitdaging om de pipetpunten juist uit te lijnen in en 96 wells plaat waardoor bijvoorbeeld de cellen of de pellet geraakt wordt. Dit kan klachten aan de pols als gevolg hebben. Met de komst van de WeLLevator™ kunt u dit probleem tackelen.

Wellevator-1Door de WeLLevator te gebruiken kunnen deze problemen verholpen worden. De pipet kan rusten op de WeLLevator, met als gevolg dat u nergens de pellet of de cellen raakt en geen last van uw pols. In combinatie met een magneet kan de WeLLevator gebruikt worden voor testen met magentische beads.

Voordelen

Gebruik van de WeLLevator heeft als grote voordeel dat er consistente resultaten worden behaald, en zekerheid dat alle wells hetzelfde behandeld worden. Ook de verminderde kans op problemen met de gewrichten, en de mogelijkheid om met magnetische beads te werken zijn grote voordelen.

Advertenties

DNA of RNA isoleren en kwantificeren uit FFPE tissue

Het meten van DNA of RNA uit tumoren kan veel inzichten geven, maar hoe doe je dit wanneer het DNA/RNA in formaline gefixeerde tissue (FFPE) zit? De nieuwe technieken maken het mogelijk om dit DNA/RNA te isoleren uit dit FFPE tissue, waardoor je toegang krijg tot informatie van onschatbare waarde. Met de verkregen DNA/RNA kun je vervolgens een PCR, qPCR uitvoeren zodat uiteindelijk duidelijk wordt of de kwaliteit van het verkregen DNA/RNA goed genoeg is om mee te gaan sequencen.

FFPE tissue

Het isoleren van DNA/RNA uit FFPE tissue wordt gedaan met een niet toxische methode die speciaal ontwikkeld is om het DNA te isoleren en zuiveren zonder het gebruik van bijvoorbeeld xyleen. Een complete oplossing van de wax wordt verkregen door een speciaal gemaakte buffer waarna een verwarmingsstap de eiwit-DNA links verwijdert. Het resultaat hiervan is dat de opbrengst van het DNA/RNA groot is en vrij van vervuilingen die invloed kunnen hebben op de gevoeligheid en amplificatie stappen.

Hierna kan de functionaliteit en kwaliteit van het DNA bepaald worden met behulp van de QFI™ Score. Met deze Score wordt bepaald welk gedeelte van het genoom DNA goed genoeg is om te amplificeren en uiteindelijk gebruikt kan worden voor Next Generation Sequencing.

Groeifactoren voor stimulatie celgroei in research setting

Groeifactoren zijn van nature voorkomende substanties die de mogelijkheid hebben om celgroei stimuleren. De groeifactoren zijn belangrijk voor de regulatie van verschillende cellulaire processen, en fungeren als signaalmoleculen tussen cellen. Ze initiëren cellen om te differentiëren en verouderen. Er zijn veel verschillende groeifactoren bekend die allen een andere invloed hebben op de cellen.

Reproduceerbaarheid

Voor het gebruik van groeifactoren in celassays is reproduceerbaarheid van de resultaten van essentieel belang. Eén van de stoffen die invloed heeft op de reproduceerbaarheid is endotoxine.

Endotoxines (lipopolysaccharides, LPS) worden geproduceerd in bacteriën zoals E. coli, die de meest gebruikte bacterie is voor de productie van groeifactoren.

Verschillende studies hebben nu bewezen dat endotoxine contaminatie, die aanwezig zijn in de groeifactoren geproduceerd in E. coli (1 EU/µg of 0.1 ng/ml), de cellen kunnen beïnvloeden. Dit beïnvloedt de reproduceerbaarheid van de celcultuur, omdat kleine verschillen in de concentratie van deze endotoxines onvoorspelbare effecten hebben op celkweek. Het gebruik van endotoxine-vrije groeifactoren verhoogt de reproduceerbaarheid van celkweek experimenten.

  • Verbeterde reproduceerbaarheid verhoogt consistentie in stamcel experimenten
  • Bespaart tijd en kostbare cellen
  • Leidt tot vereenvoudigde transfer van stamcel kweekprotocol voor pre-klinische research naar klinische trials

Invloed van endotoxine op celkweek experimenten, ORFgenetics 2014

Uitgebreid onderzoek laat duidelijk zien wat de invloed van endotoxines, toegestaan tijdens de productie van groei factoren in E.coli, is op stamcel onderzoek.

Transfectie en drug delivery

Tecrea is actief in het veld van de basale research. Ze richten zich op het creatief gebruik van nanotechnologie voor de opname van kleine en grote moleculen in de cel.  Doordat veel medicijnen niet door de celwand kunnen is dit één van de problemen in de ontwikkeling van nieuwe medicijnen. Met de research naar het verbeteren van de doorgang van de celwand met het intact houden van de werking van de cel ondersteunt Tecrea onderzoek naar nieuwe moderne medicijnen.

Transfectie

Transfectie is het inbrengen van lichaamsvreemde stoffen in een cel met het behoud van de werking van de cel. Tecrea heeft hiervoor HappyFect™ ontwikkeld. HappyFect™ is een revolutionaire nieuw transfectie reagent die plasmides  en andere kleine lichaamsvreemde stoffen in een cel kan brengen zonder de cel te doden of te inactiveren. HappyFect™ kan gebruikt worden in verschillende zoogdiercellen, is niet toxisch en snel. Met behulp van HappyFect™ kan snel en effectief plasmides en siRNA worden ingebracht in de cel.

Drug delivery

Veel bruikbare medicijnen worden niet op de markt gebracht omdat ze niet of slecht de celwand door kunnen. De opname van het medicijn is de belangrijkste, maar moeilijkste punt in de ontwikkeling van een medicijn. Zelfs bestaande medicijnen zouden nog beter kunnen werken wanneer de opname door de cel beter is. Met NanoCargo™ kunnen grotere eiwitten en moleculen worden opgenomen door de cel.

Nanotechnolgie

Bij onderzoek naar onder andere medicijnen wordt steeds meer naar details gekeken. Waar microtechnologie de toekomst was zijn we nu vooral geinteresseerd in de nog kleinere details van de cel. Met behulp van nanotechnologie kan nog beter in kaart worden gebracht hoe de mechanismes in het lichaam werken.

Wat is Next Generation Sequencing?

Tijdens DNA sequencen wordt de volgorde bepaald van de nucleotides – adenine, guanine, cytosine en thymine –  van het DNA. De kennis en volgorde van het DNA is van onschatbare waarde voor biologische research, maar ook andere branches die gebruik maken van de DNA sequence zoals de diagnostiek, biotechnologie en forensisch onderzoek. De voordelen van DNA sequencing hebben de ontwikkelingen in de biotechnologie in een stroom versnelling geplaatst. De snelheid van sequencing die bereikt wordt met de moderne technieken zijn onder andere belangrijk geweest in het in kaart brengen van het humaan DNA tijdens het “Human Genome Project”.

Maar hoe werkt het DNA sequencing nu eigenlijk?

Het sequencen van DNA wordt al langere tijd gedaan. In de eerste methode, de Sanger methode, werd een PCR reactie gedaan, met in deze reactie een grote hoeveelheid ddNTPs. Tijdens deze PCR werd ieder base paar met een andere kleur geconjugeerd. Hierna werd de kleur en de lengte van de DNA fragementen bepaald, hiermee werd de sequence bepaald; een stuk DNA met een lengte 35 baseparen eindigend met een blauwe ddNTP wat aangaf dat er op de 35ste positie een C zat.
Het probleem met deze methode was dat het er veel ruimte nodig was. een plek om de PCR uit te voeren en dan cappilaire geltubes of een gewone gel om de lengte van het DNA te bepalen. Gevolg, er kunnen hooguit een paar honderd reacties tegelijkertijd gedaan worden. Er zijn 3 billioen baseparen in het humaan DNA, kortom het kost veel tijd mankracht om op deze manier het humaan DNA in kaarte brengen.

Met de komst van NGS heeft deze problemen overwonnen. Door het gebruik van een van de verschillende platformen kan er nu redelijk snel DNA in kaart gebracht worden. Bij de verschillende platformen plaats je het stuk DNA wat bekeken wordt in een well, dit wordt een cluster genoemd. Daar wordt het sequencen gedaan met als gevolg dat er veel verschillende clusters tegelijkertijd gesequenced kunnen worden. Hierdoor wordt de tijd om een gedeelte van het DNA in kaart te brengen verminderd.

NGS heeft de toekomst, en blijft zich ontwikkelen. Blijf op de hoogte van de laatste ontwikkelingen van NGS, neem contact met ons op en schrijf je in voor onze nieuwsbrief of vraag om een persoonlijke update.

Hoe werkt NGS?

Genoom DNA fragmenten kunnen worden omgezet naar een DNA library die klaar zijn voor het sequencen in de volgende stappen.  Van het gefragmenteerde DNA wordt eerst door middel van een zogenaamd “end repair” de uiteindes blunt end gemaakt (zie onderstaande afbeelding). Vervolgens wordt er een adenine base gekoppeld aan het DNA om zo een A-overhang te creëren. Nu kunnen de barcodes geligeerd worden omdat deze een T-overhang als uiteinde hebben. Na opzuiveren van het DNA worden de geselecteerde fragmenten met behulp van PCR geamplificeerd. Het DNA is nu klaar om te sequencen.

Barcodes

Barcodes bevatten geïndexeerde sequenties. Door verschillende barcodes te gebruiken kunnen er meerdere, verschillende gefragmenteerde stukjes DNA tegelijkertijd gesequenced worden. Met de huidige mogelijkheden van 96 barcodes worden er een veelvoud aan  libraries gemaakt. Het gebruik van de barcodes heeft als gevolg dat er meerdere samples tegelijkertijd  in één laan te sequencen zijn. Hierdoor is het uitvoeren van grotere sequentie projecten sneller, goedkoper en efficiënter geworden.

Bron: Basics: Sequencing DNA

Wat is het belang van de Inhibitor Removal Technology® (IRT) bij DNA isolaties?

Het gepatenteerde IRT® van MoBio geeft researchers de mogelijkheid om DNA te zuiveren uit elk sample, zelfs degene met een hoge concentratie PCR remmers zoals zuren, suikers en kleurstoffen.

Door gebruik te maken van deze gepatenteerde technologie kunnen de enzymatische PCR remmers geisoleerd worden uit alle samples, inclusief water, ontlasting, grond en planten om hoog gezuiverd DNA of RNA te verkrijgen. Dit kan snel en simpel gedaan worden met spin- of capture kollommen. Zelfs gearchiveerde, en op dat moment onbruikbare DNA samples kunnen gezuiverd worden.

Is er data beschikbaar over ge-extraheerde DNA samples met de IRT®?

Het antwoord hierop is JA! Tijdens de ontwikkeling van deze technologie is er een test gedaan met 2 water extractie kits van de leverancier, de PowerWater® en de RapidWater®. De PowerWater® bevat de IRT® technologie, verder zijn de kits identiek.
Vergelijkbare hoeveelheden DNA zijn ge-extraheerd (zie afbeelding), maar de Rt-PCR laat zien dat de IRT® technologie voor zuiverder DNA zorgt.

De IRT technologie wordt gebruikt in de verschillende producten van MoBio, zoals:
Powersoil®, PowerMax®, PowerPlant® en vele andere.

Samples zijn gratis te verkrijgen, vraag uw sample aan via tech@sanbio.nl.

Op zoek naar een microtiter plaat, maar wat is nu de beste?

De 96-wells plaat is misschien wel de meest gebruikte plaat die gebruikt wordt in de laboratoria. De plaat is verkrijgbaar in losse strips, afbreekbare strips, platte en ronde bodems. Tevens heeft de coating van de de plaat ook invloed op de resultaten van de assay. Welke plaat er ook gekozen wordt, er zijn verschillende keuzes die nu gemaakt moeten worden om de juiste coating te kiezen om het target te binden.

Plaat coating

Om het target te binden is het van belang om de juiste coating op de plaat te gebruiken. Een passieve coating heeft een brede range aan mogelijkheden omdat deze verschillende biomoleculen kan binden, gebaseerd op verschillende zwakke molecuul interacties. Deze verschillende interacties vormen samen een sterke binding aan het biomolecuul. Passieve coating is daarom primair bruikbaar voor middelgrote tot grote biomoleculen, zoals antilichamen. De exacte hoeveel moleculaire bindingsplaatsen is afhankelijk van het te binden biomolecuul, en de interactie met de coating. Bij een grote verscheidenheid aan biomoleculen wordt gebruik gemaakt van de passieve binding om het biomolecuul stabiel te binden.

De passieve coating is onder te verdelen in 4 verschillende subgroepen op basis van hydrofibiciteit; Hydrofoob, licht hydrofofiel, hydrifiel en sterk hydrofiel.

Hydrofoob
De hydrofobe coating wordt gebruikt voor de binden van biomoleculen rijk aan lipides.

Weinig hydrofiel
De licht hydrofiele coating vergroot de range aan biomoleculen die gebonden kunnen worden, inclusief glyco-eiwitten en lipopolysaccharides in serum, of serum samples. Met deze coating wordt de a-specifieke binding geminimaliseerd om de signal-to-noise (S/N) ratio te verhogen en hierdoor de gevoeligheid te vergroten.

Hydrofiel
De hydrofiele coating is geoptimaliseerd om grote hoeveelheden IgG te binden, wat deze platen uiterst geschikt maakt voor het gebruik in antilichaam sandwich assay’s, bijvoorbeeld ELISA. Verder heeft deze coating de mogelijkheid om een grote variëteit aan biomoleculen te binden die hydrofiele/hydrofobe karakteristieken hebben.

Sterk hydrofiel
Deze coating bindt in water oplosbare eiwitten en glycanen, maar de binding is pH gevoelig.

Overzicht bindingscapaciteit Nunc platen (Bron; ThermoFisher).

           

 

 

 

 

 

Welke plaat is het beste geschikt voor uw experiment? Komt u er niet uit? Vraag een sample aan via tech@sanbio.nl.