DNA of RNA isoleren en kwantificeren uit FFPE tissue

Het meten van DNA of RNA uit tumoren kan veel inzichten geven, maar hoe doe je dit wanneer het DNA/RNA in formaline gefixeerde tissue (FFPE) zit? De nieuwe technieken maken het mogelijk om dit DNA/RNA te isoleren uit dit FFPE tissue, waardoor je toegang krijg tot informatie van onschatbare waarde. Met de verkregen DNA/RNA kun je vervolgens een PCR, qPCR uitvoeren zodat uiteindelijk duidelijk wordt of de kwaliteit van het verkregen DNA/RNA goed genoeg is om mee te gaan sequencen.

FFPE tissue

Het isoleren van DNA/RNA uit FFPE tissue wordt gedaan met een niet toxische methode die speciaal ontwikkeld is om het DNA te isoleren en zuiveren zonder het gebruik van bijvoorbeeld xyleen. Een complete oplossing van de wax wordt verkregen door een speciaal gemaakte buffer waarna een verwarmingsstap de eiwit-DNA links verwijdert. Het resultaat hiervan is dat de opbrengst van het DNA/RNA groot is en vrij van vervuilingen die invloed kunnen hebben op de gevoeligheid en amplificatie stappen.

Hierna kan de functionaliteit en kwaliteit van het DNA bepaald worden met behulp van de QFI™ Score. Met deze Score wordt bepaald welk gedeelte van het genoom DNA goed genoeg is om te amplificeren en uiteindelijk gebruikt kan worden voor Next Generation Sequencing.

Advertenties

Wat is het belang van de Inhibitor Removal Technology® (IRT) bij DNA isolaties?

Het gepatenteerde IRT® van MoBio geeft researchers de mogelijkheid om DNA te zuiveren uit elk sample, zelfs degene met een hoge concentratie PCR remmers zoals zuren, suikers en kleurstoffen.

Door gebruik te maken van deze gepatenteerde technologie kunnen de enzymatische PCR remmers geisoleerd worden uit alle samples, inclusief water, ontlasting, grond en planten om hoog gezuiverd DNA of RNA te verkrijgen. Dit kan snel en simpel gedaan worden met spin- of capture kollommen. Zelfs gearchiveerde, en op dat moment onbruikbare DNA samples kunnen gezuiverd worden.

Is er data beschikbaar over ge-extraheerde DNA samples met de IRT®?

Het antwoord hierop is JA! Tijdens de ontwikkeling van deze technologie is er een test gedaan met 2 water extractie kits van de leverancier, de PowerWater® en de RapidWater®. De PowerWater® bevat de IRT® technologie, verder zijn de kits identiek.
Vergelijkbare hoeveelheden DNA zijn ge-extraheerd (zie afbeelding), maar de Rt-PCR laat zien dat de IRT® technologie voor zuiverder DNA zorgt.

De IRT technologie wordt gebruikt in de verschillende producten van MoBio, zoals:
Powersoil®, PowerMax®, PowerPlant® en vele andere.

Samples zijn gratis te verkrijgen, vraag uw sample aan via tech@sanbio.nl.