Prosthetic Joint Infections (PJI), nu serologisch te bepalen

Het vervangen van een gewricht is een hele operatie, vaak bedoeld om de mobiliteit te vergroten. Maar wat als er na de operatie een infectie ontstaat? Infecties die geassocieerd worden met een gewrichtsoperatie komen niet zo vaak voor, maar zorgen voor de meest verwoestende complicaties. Naast langdurige ziekenhuisopname, risico op complicaties als gevolg van extra chirurgische behandelingen en de mogelijkheid van een hernieuwde handicap.

BJI InoplexMet de komst van de nieuwe BJI Inoplex test kunnen infecties eerder worden opgepikt. Het is bedoeld als hulpmiddel bij de detectie van orthopedische infecties, naast de reeds bestaande methoden (zoals CRP of radiografie) die geen operatieve handeling vereisen. De test is een non-invasieve test op basis van de immuunrespons van patiënten, die verdacht worden orthopedische infecties te hebben en met pijnklachten terugkomen in de kliniek. Deze patiënten zijn veelal kandidaat voor revisie chirurgie. Een goede diagnose voorafgaande aan de operatie kan van groot belang zijn om een goed behandelingstraject te bepalen.

De BJI Inoplex test is een multiplex assay die bestaat uit een panel van 16 antigenen die zijn geïsoleerd uit de meest voorkomende pathogenen die orthopedische infecties kunnen veroorzaken. De antigenen zijn gekoppeld aan microscopische beads op basis van de Luminex Technologie, die reageren met IgG antistoffen in het serum van de patiënt.

Advertenties

Transfectie en drug delivery

Tecrea is actief in het veld van de basale research. Ze richten zich op het creatief gebruik van nanotechnologie voor de opname van kleine en grote moleculen in de cel.  Doordat veel medicijnen niet door de celwand kunnen is dit één van de problemen in de ontwikkeling van nieuwe medicijnen. Met de research naar het verbeteren van de doorgang van de celwand met het intact houden van de werking van de cel ondersteunt Tecrea onderzoek naar nieuwe moderne medicijnen.

Transfectie

Transfectie is het inbrengen van lichaamsvreemde stoffen in een cel met het behoud van de werking van de cel. Tecrea heeft hiervoor HappyFect™ ontwikkeld. HappyFect™ is een revolutionaire nieuw transfectie reagent die plasmides  en andere kleine lichaamsvreemde stoffen in een cel kan brengen zonder de cel te doden of te inactiveren. HappyFect™ kan gebruikt worden in verschillende zoogdiercellen, is niet toxisch en snel. Met behulp van HappyFect™ kan snel en effectief plasmides en siRNA worden ingebracht in de cel.

Drug delivery

Veel bruikbare medicijnen worden niet op de markt gebracht omdat ze niet of slecht de celwand door kunnen. De opname van het medicijn is de belangrijkste, maar moeilijkste punt in de ontwikkeling van een medicijn. Zelfs bestaande medicijnen zouden nog beter kunnen werken wanneer de opname door de cel beter is. Met NanoCargo™ kunnen grotere eiwitten en moleculen worden opgenomen door de cel.

Nanotechnolgie

Bij onderzoek naar onder andere medicijnen wordt steeds meer naar details gekeken. Waar microtechnologie de toekomst was zijn we nu vooral geinteresseerd in de nog kleinere details van de cel. Met behulp van nanotechnologie kan nog beter in kaart worden gebracht hoe de mechanismes in het lichaam werken.

Wat is Next Generation Sequencing?

Tijdens DNA sequencen wordt de volgorde bepaald van de nucleotides – adenine, guanine, cytosine en thymine –  van het DNA. De kennis en volgorde van het DNA is van onschatbare waarde voor biologische research, maar ook andere branches die gebruik maken van de DNA sequence zoals de diagnostiek, biotechnologie en forensisch onderzoek. De voordelen van DNA sequencing hebben de ontwikkelingen in de biotechnologie in een stroom versnelling geplaatst. De snelheid van sequencing die bereikt wordt met de moderne technieken zijn onder andere belangrijk geweest in het in kaart brengen van het humaan DNA tijdens het “Human Genome Project”.

Maar hoe werkt het DNA sequencing nu eigenlijk?

Het sequencen van DNA wordt al langere tijd gedaan. In de eerste methode, de Sanger methode, werd een PCR reactie gedaan, met in deze reactie een grote hoeveelheid ddNTPs. Tijdens deze PCR werd ieder base paar met een andere kleur geconjugeerd. Hierna werd de kleur en de lengte van de DNA fragementen bepaald, hiermee werd de sequence bepaald; een stuk DNA met een lengte 35 baseparen eindigend met een blauwe ddNTP wat aangaf dat er op de 35ste positie een C zat.
Het probleem met deze methode was dat het er veel ruimte nodig was. een plek om de PCR uit te voeren en dan cappilaire geltubes of een gewone gel om de lengte van het DNA te bepalen. Gevolg, er kunnen hooguit een paar honderd reacties tegelijkertijd gedaan worden. Er zijn 3 billioen baseparen in het humaan DNA, kortom het kost veel tijd mankracht om op deze manier het humaan DNA in kaarte brengen.

Met de komst van NGS heeft deze problemen overwonnen. Door het gebruik van een van de verschillende platformen kan er nu redelijk snel DNA in kaart gebracht worden. Bij de verschillende platformen plaats je het stuk DNA wat bekeken wordt in een well, dit wordt een cluster genoemd. Daar wordt het sequencen gedaan met als gevolg dat er veel verschillende clusters tegelijkertijd gesequenced kunnen worden. Hierdoor wordt de tijd om een gedeelte van het DNA in kaart te brengen verminderd.

NGS heeft de toekomst, en blijft zich ontwikkelen. Blijf op de hoogte van de laatste ontwikkelingen van NGS, neem contact met ons op en schrijf je in voor onze nieuwsbrief of vraag om een persoonlijke update.

Hoe werkt NGS?

Genoom DNA fragmenten kunnen worden omgezet naar een DNA library die klaar zijn voor het sequencen in de volgende stappen.  Van het gefragmenteerde DNA wordt eerst door middel van een zogenaamd “end repair” de uiteindes blunt end gemaakt (zie onderstaande afbeelding). Vervolgens wordt er een adenine base gekoppeld aan het DNA om zo een A-overhang te creëren. Nu kunnen de barcodes geligeerd worden omdat deze een T-overhang als uiteinde hebben. Na opzuiveren van het DNA worden de geselecteerde fragmenten met behulp van PCR geamplificeerd. Het DNA is nu klaar om te sequencen.

Barcodes

Barcodes bevatten geïndexeerde sequenties. Door verschillende barcodes te gebruiken kunnen er meerdere, verschillende gefragmenteerde stukjes DNA tegelijkertijd gesequenced worden. Met de huidige mogelijkheden van 96 barcodes worden er een veelvoud aan  libraries gemaakt. Het gebruik van de barcodes heeft als gevolg dat er meerdere samples tegelijkertijd  in één laan te sequencen zijn. Hierdoor is het uitvoeren van grotere sequentie projecten sneller, goedkoper en efficiënter geworden.

Bron: Basics: Sequencing DNA

Wat is het belang van de Inhibitor Removal Technology® (IRT) bij DNA isolaties?

Het gepatenteerde IRT® van MoBio geeft researchers de mogelijkheid om DNA te zuiveren uit elk sample, zelfs degene met een hoge concentratie PCR remmers zoals zuren, suikers en kleurstoffen.

Door gebruik te maken van deze gepatenteerde technologie kunnen de enzymatische PCR remmers geisoleerd worden uit alle samples, inclusief water, ontlasting, grond en planten om hoog gezuiverd DNA of RNA te verkrijgen. Dit kan snel en simpel gedaan worden met spin- of capture kollommen. Zelfs gearchiveerde, en op dat moment onbruikbare DNA samples kunnen gezuiverd worden.

Is er data beschikbaar over ge-extraheerde DNA samples met de IRT®?

Het antwoord hierop is JA! Tijdens de ontwikkeling van deze technologie is er een test gedaan met 2 water extractie kits van de leverancier, de PowerWater® en de RapidWater®. De PowerWater® bevat de IRT® technologie, verder zijn de kits identiek.
Vergelijkbare hoeveelheden DNA zijn ge-extraheerd (zie afbeelding), maar de Rt-PCR laat zien dat de IRT® technologie voor zuiverder DNA zorgt.

De IRT technologie wordt gebruikt in de verschillende producten van MoBio, zoals:
Powersoil®, PowerMax®, PowerPlant® en vele andere.

Samples zijn gratis te verkrijgen, vraag uw sample aan via tech@sanbio.nl.

Op zoek naar een microtiter plaat, maar wat is nu de beste?

De 96-wells plaat is misschien wel de meest gebruikte plaat die gebruikt wordt in de laboratoria. De plaat is verkrijgbaar in losse strips, afbreekbare strips, platte en ronde bodems. Tevens heeft de coating van de de plaat ook invloed op de resultaten van de assay. Welke plaat er ook gekozen wordt, er zijn verschillende keuzes die nu gemaakt moeten worden om de juiste coating te kiezen om het target te binden.

Plaat coating

Om het target te binden is het van belang om de juiste coating op de plaat te gebruiken. Een passieve coating heeft een brede range aan mogelijkheden omdat deze verschillende biomoleculen kan binden, gebaseerd op verschillende zwakke molecuul interacties. Deze verschillende interacties vormen samen een sterke binding aan het biomolecuul. Passieve coating is daarom primair bruikbaar voor middelgrote tot grote biomoleculen, zoals antilichamen. De exacte hoeveel moleculaire bindingsplaatsen is afhankelijk van het te binden biomolecuul, en de interactie met de coating. Bij een grote verscheidenheid aan biomoleculen wordt gebruik gemaakt van de passieve binding om het biomolecuul stabiel te binden.

De passieve coating is onder te verdelen in 4 verschillende subgroepen op basis van hydrofibiciteit; Hydrofoob, licht hydrofofiel, hydrifiel en sterk hydrofiel.

Hydrofoob
De hydrofobe coating wordt gebruikt voor de binden van biomoleculen rijk aan lipides.

Weinig hydrofiel
De licht hydrofiele coating vergroot de range aan biomoleculen die gebonden kunnen worden, inclusief glyco-eiwitten en lipopolysaccharides in serum, of serum samples. Met deze coating wordt de a-specifieke binding geminimaliseerd om de signal-to-noise (S/N) ratio te verhogen en hierdoor de gevoeligheid te vergroten.

Hydrofiel
De hydrofiele coating is geoptimaliseerd om grote hoeveelheden IgG te binden, wat deze platen uiterst geschikt maakt voor het gebruik in antilichaam sandwich assay’s, bijvoorbeeld ELISA. Verder heeft deze coating de mogelijkheid om een grote variëteit aan biomoleculen te binden die hydrofiele/hydrofobe karakteristieken hebben.

Sterk hydrofiel
Deze coating bindt in water oplosbare eiwitten en glycanen, maar de binding is pH gevoelig.

Overzicht bindingscapaciteit Nunc platen (Bron; ThermoFisher).

           

 

 

 

 

 

Welke plaat is het beste geschikt voor uw experiment? Komt u er niet uit? Vraag een sample aan via tech@sanbio.nl.

Hepatitis E, onderschatte ziekte nr 1?

Hepatitis E (HEV) wordt gezien als backpakkers disease, maar klopt dit wel? HEV wordt steeds vaker als diagnose gesteld bij mensen die helemaal niet reizen of in landen geweest zijn waar deze ziekte heerst. Wat zijn de gevolgen hiervan? Hoe wordt het virus verspreid?
Dat HEV geen onschuldig virus is blijkt uit de literatuur. De combinatie van HEV en chronische leveronsteking heeft een slechte prognose. Er wordt vaak de verkeerde diagnose gesteld; Drug-induced liver injury. (1); Hepatitis E; an emerging infection in developed countries. Klinisch is HEV niet te onderscheiden van Hepatitis A, maar Hepatitis A komt minder voor.

Inleiding

HEV is een acute leverontsteking op basis van een besmetting met het Hepatitis E-virus. HEV is een RNA virus onderverdeeld in 4 verschillende genotypes. Genotypes 1 & 2 zijn alleen vastgesteld in mensen, genotypes 3 & 4 zijn naast mensen ook vastgesteld in verschillende zoogdieren zoals varkens, kippen, herten. Genotype 3 wordt vaak als diagnose gesteld bij mensen in de westerse wereld. HEV is een ziekte die zich alleen in mensen uit, maar mede wordt overgedragen door dieren. Het varken is hierbij de grootste bron. Meer dan 50% van de in 2005 onderzochte Nederlandse varkensboerderijen zijn besmet (Hepatitis E virus risk profile, Rutjes et al; 2005), waarbij het HEV is gemeten in de faeces van de dieren.
HEV is vaak voorkomend in de gehele tropische en subtropische zone, waarbij India en Noord-Afrika bekend staan als haarden van HEV. Genotype 2 wordt hier vaak bevestigd (2) (Hepatitis E in Nederland, Zaaijer 2007) HEV kan asymptotisch voorkomen, waardoor de mens wel dragend kan zijn, maar niet ziek.
Er wordt verondersteld dat de ziekte op verschillende manieren kan worden overgedragen maar er zijn er nog niet zoveel bevestigd.  De bevestigde routes van infectie zijn bloedtransfusie, het eten van niet goed gekookt vlees van varkens en wild.
De faeces van varkens en wild komen uiteindelijk in het water terecht. Zou de infectie ook kunnen worden opgelopen door het drinken van kraanwater, het eten van groentes die besproeid zijn of door recreatie in zeeën of rivieren?
De incubatie periode voor HEV is van 2 tot 9 weken, en heeft verschillende symptomen zoals geelzucht, koorts, braken en gewichtsverlies.

Is het wel zo’n groot probleem?

In het onderzoek naar HEV is nog veel onbekend? HEV is sporadisch vast gesteld in de westerse landen, maar is dit het gevolg van het ontbreken van een goede detectie methode? Of weet men niet waar, of hoe, er gezocht moet worden? HEV wordt over de hele wereld gedetecteerd, met de gevalideerde methodes of met home-made testen. Welke resultaten zijn betrouwbaar?
Uit vergelijk tussen de verschillende commercieel verkrijgbare testen komen grote verschillen voor in gevoeligheid, en betrouwbaarheid van de resultaten. In de vergelijkings studie tussen de anti-HEV kits van Wantai en Genelab blijkt de kit van Wantai gevoeliger te zijn (0.25 vs 2.5 WHO units/mL) en meer sera als positief te bestempelen van HEV bevestigde casussen (98% vs 56%). (3) A Comparison of two commercially available anti-HEV IgG kits and re-evaluation of anti-HEV IgG seroprevalence data in developped countries, Bendall et al 2010.

Seroprevalentie

Seroprevalentie geeft aan welke hoeveelheid van de populatie over antilichamen beschikt tegen dit virus. Uit verschillende data blijkt dat deze getallen ver uit elkaar liggen (0.26% – 31%), met de verschillen in kwaliteit van de testen in het achterhoofd houdend is een reële vraag hoe betrouwbaar deze getallen zijn. Is het getal niet vele malen hoger? Wat zijn de gevolgen van deze getallen?

Discussie

Wat voor gevolgen hebben deze data voor ons? Wanneer de seroprevalentie vele malen hoger is, moet hier dan op gescreend worden bij bloed donaties? Iemand kan drager zijn van het HEV virus, zonder hiervan gevolgen te ondervinden. In hoeveel cases uit het verleden waarbij de oorzaak van ziek worden, (en overlijden,) onbekend is, is dit het gevolg van Hepatitis E?
Wat zijn nu echt alle besmettings bronnen? Bekend is dat varkens en wild grote dragers zijn van het virus. Moet al het vlees gescreend worden op HEV?

Voor meer informatie over de HEV kits, neem contact met ons op; tech@sanbio.nl.

Het Ph chromosoom, het genetisch defect bij chronische myeloide leukemie (CML)

Chronisch myeloide leukemie (CML) is een vorm van leukemie waarbij witte bloedcellen in overmaat worden geproduceerd. Bij de grote meerderheid wordt het Philadelphia chromosoom gevonden. Het Ph chromosoom is verantwoordelijk voor de codering van BCR-ABL1.

Na de ontdekking van CML, meer dan 150 jaar geleden is er weinig tot geen progressie gemaakt met betrekking tot de genezing. Bestraling zorgde alleen voor een betere levenskwaliteit. De genezingskansen werden groter met de behandeling met Hydroxyurea (HU), en daarna nog groter met allogene hematopoietische stamcel transplantatie.

Het begrijpen van de ziekte begon met de ontdekking van het Philadelphia (Ph) chromosoom. De aanwezigheid van de Ph chromosoom is het gevolg van een genetische translocatie van de chromosomen 9 en 22. De ontdekking van het Ph chromosoom betekende ook de ontdekking van de BCR/ABL1 eiwitten, wat heeft geleid tot nieuwe onderzoeken. Door componenten te ontwikkelen die de activiteit van de tyrokinase verminderen, en dus de ontwikkeling van de ziekte remmen, is er een grote stap gezet in de ontwikkeling van een medicijn.

Detectie methode
Recent is er een nieuwe methode op de markt gekomen om dit Ph chromosoom te detecteren. Bij deze methode wordt een qPCR gecombineerd met een ELISA waarbij gebruik gemaakt wordt van beads. Dit biedt mogelijkheid om meerdere samples tegelijkertijd te testen met een hoge gevoeligheid, de detectie limiet ligt op 1 leukemie cel per 100.000 normale cellen . Door het monitoren van de tyrosine kinase inhibitor (TKI) ontstaat er een goede indicatie over de progressie van de ziekte.